陈卫东教授学术成果颇丰，已在《中国社会科学》、《中国法学》、《法学研究》等学术刊物上发表论文400余篇，代表作包括：“认罪认罚从宽制度研究”（《中国法学》）、“公民参与司法：理论、实践及改革——以刑事司法为中心的考察”（《法学研究》）、“看守所实施新刑事诉讼法实证研究报告”（《政法论丛》）、“司法机关依法独立行使职权研究”（《中国法学》）、“刑事证据制度重点问题实施状况调研报告”（《证据科学》）、“司法精神病鉴定基本问题研究”（《法学研究》），等等。

陈卫东教授出版专著《转型与变革：中国检察的理论与实践》、《反思与建构：刑事证据的中国问题研究》、《程序正义之路》（一、二卷）、《检察监督职能论》、《审判监督程序论》等多部，主编、参编各类教材、著作，如《模范刑事诉讼法典》、《刑事诉讼法学》、《量刑程序改革理论研究》、《公民参与司法研究》、《中欧遏制酷刑机制比较研究》等数十部。

陈卫东教授近些年来主持的国家级课题包括“司法独立与司法问责机制研究”、“建设公正、高效、权威的社会主义司法制度研究”等，主持的省部级课题包括“新刑事诉讼法实施若干重大问题研究”（中国法学会）、“刑事证据问题研究”（教育部人文社科项目基地重大项目）等。

近些年来，陈卫东教授一直投身致力于中国的司法改革研究与实践，一方面，受邀参加了全国人大、最高人民法院、最高人民检察院、司法部等机关的一系列改革论证会，参与了律师法、国家赔偿法、看守所法等法律法规的立法、起草与修正工作，全程参与了1996年刑事诉讼法以及2012年刑事诉讼法的修正工作；另一方面，陈卫东教授主持进行多项国家社科基金、教育部人文社会科学研究等项目，通过在多地开展富有成效的改革试点工作，主持撰写《羁押场所巡视制度研究报告》、《我国秘密侦查合法化之辩》等报告，积极推动成功的司法改革试点经验向全国推广与学习，提出了一系列符合中国司法实际的改革主张，为中国的司法改革进步和中国法治的发展作出贡献。